Las excavaciones del Seminario de Historia Primitiva del Hombre (precedente del Departamento de Prehistoria de la Universidad Complutense de Madrid) se sucedieron durante los años 40. Las campañas de los veranos de 1944 y 1945 estuvieron dirigidas por Julio Martínez Santa-Olalla y apoyadas, entre otros, por Eduardo Del Val Caturla, Carlos Posac Mon y José Antonio Sopranis Salto, mientras que los directores de la campaña de 1948 fueron Vicente Ruiz Argilés y Carlos Posac Mon. Finalmente, Francisco Jordá y John D. Evans excavaron durante el año 1950.
Las excavaciones de 1944 y 1945 proporcionan el mayor volumen de información. Los trabajos se centraron en un área de unos 1788 m2 al pie de la ladera suroriental del cerro, y permitieron sacar a la luz restos de 21 “departamentos”, de perímetro trapezoidal-rectangular o absidal, cuyo estado de conservación era muy heterogéneo. Además se localizaron 102 tumbas, la mayoría en urna y otras en cista o fosa.
Entre los restos arquitectónicos destaca el departamento XI-XXI, que alojó un taller de fundición donde se recuperaron pilas de lavado de mineral, hoyos llenos de ceniza con restos de cobre adheridos a crisoles y un fragmento de molde para fundir hachas. Tanto Inchaurrandieta como Martínez Santa-Olalla hallaron escorias con un contenido en plomo de entre el 6-8%, lo cual se corresponde con la fusión de mineral de galena. Esta composición fue confirmada por Hans-Gert Bachmann a raíz del análisis de unas escorias recogidas en superficie en 1991. Nuevos análisis realizados en el C2RMF de París y la Universidad de Tübingen ponen en duda que estas escorias sean de época prehistórica.
En su estudio publicado en 1983, Vicente Lull concluyó que el departamento XI-XXI también contenía un mayor número de instrumentos de trabajo y tumbas con ajuares destacados. Una de ellas, la 58, pertenecía a un niño o niña enterrado con valiosos adornos: un pendiente de cobre sobre el pecho y otro adosado al cráneo, y una pulsera de cobre en el brazo izquierdo. Ello indica que algunos individuos comenzaron a gozar de privilegios de cuna, es decir, propios de una estructura hereditaria.
